Biopaliwa i czyste paliwa mają zasadnicze znaczenie dla transformacji energetycznej w kierunku osiągnięcia neutralności pod względem emisji dwutlenku węgla. Biopaliwa pochodzą ze źródeł odnawialnych, takich jak rośliny, zużyty olej spożywczy, algi lub bioodpady.

• Etanol jest uzyskiwany w procesie fermentacji i mieszany z konwencjonalną benzyną.
• Biodiesel jest uzyskiwany w procesie transestryfikacji i mieszany z konwencjonalnym olejem napędowym w celu zmniejszenia śladu węglowego.
• Olej napędowy odnawialny (HVO) powstaje w procesie hydrorafinacji (podobnym do tradycyjnego rafinowania) i może być stosowany jako paliwo zastępcze w 100%.
• Zrównoważone paliwo lotnicze (SAF) jest uzyskiwane w podobnym procesie rafinacji i stanowi substytut paliwa lotniczego pochodzenia kopalnego.
• Inne czyste paliwa to biogaz, zielony amoniak i metanol z zielonego wodoru itp.

Produkcja biopaliw jest bardziej złożona niż paliw kopalnych i wiąże się z dodatkowymi wyzwaniami:

• Surowce odnawialne zawierają więcej wody i tlenu i wymagają bardziej skomplikowanej obróbki wstępnej oraz większego zapotrzebowania na wodór.
• Oleje jadalne są bardziej wrażliwe na zmiany temperatury i problemy związane z woskiem. Wymagają utrzymania wyższych temperatur (50–80°C/120–175°F) i wąskiego zakresu temperatur.
• Partie surowców mogą być zróżnicowane, w zależności od dostępności. Wymaga to elastyczności w zakresie ogrzewania i kontroli temperatury w jednostkach procesowych i zbiornikach magazynowych.
• Nowe projekty wymagają rozwiązań w zakresie łączności danych, efektywności energetycznej i zarządzania alarmami, które zmniejszają koszty operacyjne i ryzyko przestojów.